Le directeur général délégué en charge des ressources humaines et financières ainsi que de l'administration générale, qui assure les fonctions de directeur général des services, est nommé, sur proposition du président du Muséum, après avis des ministres chargés de l'environnement et de la recherche.
En dehors du directeur général délégué aux ressources, tout directeur général délégué est nommé par le président du Muséum, après avis du conseil scientifique, pour une durée de quatre ans renouvelable une fois.