Pour l'exercice de ses attributions, le ministre de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche a autorité sur le secrétariat général mentionné à l'article 1er du décret du 17 février 2014 susvisé, la direction générale de l'enseignement scolaire, la direction générale de l'enseignement supérieur et de l'insertion professionnelle, la direction générale de la recherche et de l'innovation, l'inspection générale de l'éducation nationale, l'inspection générale de l'administration de l'éducation nationale et de la recherche, l'inspection générale des bibliothèques, le médiateur de l'éducation nationale et de l'enseignement supérieur, le haut fonctionnaire de défense et de sécurité et la mission ministérielle d'audit interne, ainsi que sur le bureau du cabinet.
Il peut faire appel à la direction générale des médias et des industries culturelles.