Le secrétariat de la commission supérieure est assuré par l'administration supérieure de Wallis et Futuna.
Un procès-verbal est établi après chaque séance et transmis dans un délai d'un mois aux membres de la commission supérieure ainsi qu'aux ministres chargés des outre-mer et de la fonction publique. Il est approuvé lors de la séance suivante.