Les pôles d'expertise sont notamment chargés de l'expertise juridique, de l'expertise comptable et de l'audit ainsi que de l'expertise en matière de stratégie, de synthèse et de finances. Ils sont rattachés au directeur général ou au directeur général adjoint de l'agence.
La liste des pôles d'expertise et leur niveau de rattachement sont fixés par décision du directeur général de l'agence.