Les missions de l'inspection générale des affaires maritimes dans le domaine de l'enseignement maritime sont exercées par l'inspecteur général de l'enseignement maritime, officier général ayant accompli cinq ans de services effectifs dans des fonctions d'enseignement au sein d'un établissement d'enseignement supérieur maritime.
L'inspecteur général de l'enseignement maritime est assisté par des chargés de mission dont les compétences couvrent toutes les disciplines relevant spécifiquement de l'enseignement maritime et auxquels il peut déléguer tout ou partie de ses fonctions d'inspecteur pédagogique. Les chargés de mission sont issus des corps d'enseignants militaires ou civils de la fonction publique de l'Etat et doivent avoir accompli cinq ans de services effectifs dans des fonctions d'enseignement au sein des établissements de formation professionnelle maritime. Ils restent soumis aux règles statutaires régissant leur corps d'origine.
En tant que de besoin, l'inspecteur général de l'enseignement maritime sollicite le concours d'inspecteurs relevant du ministre chargé de l'éducation nationale ou du ministre chargé de l'enseignement agricole ainsi que de toute personne susceptible de participer à l'accomplissement de ses missions.