Le cahier des charges de SNCF Mobilités est approuvé par décret en Conseil d'Etat. Après avis de l'établissement public, le cahier des charges fixe ses droits et obligations, les modalités de son fonctionnement, les règles d'harmonisation des conditions d'exploitation prévues par les articles L. 1000-1 à L. 1000-3, L. 1111-1, L. 1111-3, L. 1211-3 et L. 1212-2, les conditions d'exécution du service public et définit son équilibre d'exploitation.