SNCF Mobilités est soumis en matière de gestion financière et comptable aux règles applicables aux entreprises industrielles et commerciales.
Il tient sa comptabilité conformément au plan comptable général.
Il développe une comptabilité permettant notamment d'apprécier les coûts économiques réels relatifs aux missions qui lui sont confiées respectivement par l'Etat et par les collectivités territoriales.