Le congé de longue maladie est attribué, après épuisement des droits de congé de maladie ou des droits du congé du blessé fixés aux articles L. 4138-3 et L. 4138-3-1, dans les cas autres que ceux prévus à l'article L. 4138-12, lorsque l'affection constatée met l'intéressé dans l'impossibilité d'exercer ses fonctions et qu'elle présente un caractère invalidant et de gravité confirmée.
Lorsque l'affection survient du fait ou à l'occasion de l'exercice des fonctions ou à la suite de l'une des causes exceptionnelles prévues à l'article L. 27 du code des pensions civiles et militaires de retraite, ce congé est d'une durée maximale de trois ans. Le militaire conserve, dans les conditions définies par décret en Conseil d'Etat, sa rémunération.
Dans les autres cas, le militaire de carrière, ou le militaire servant en vertu d'un contrat réunissant au moins trois ans de services militaires, bénéficie de ce congé pendant une durée maximale de trois ans. L'intéressé perçoit, dans les conditions fixées par décret en Conseil d'Etat, sa rémunération pendant un an, puis une rémunération réduite de moitié les deux années qui suivent. Le militaire servant en vertu d'un contrat réunissant moins de trois ans de services militaires bénéficie de ce congé, non rémunéré, pendant une durée maximale d'un an.
Le militaire qui a obtenu un congé de longue maladie ne peut bénéficier d'un congé de même nature, s'il n'a pas auparavant repris l'exercice de ses fonctions pendant un an.
Le militaire placé en congé de longue maladie continue à figurer sur la liste d'ancienneté, concourt pour l'avancement à l'ancienneté et, dans les cas visés au deuxième alinéa du présent article, pour l'avancement au choix. Le temps passé en congé est pris en compte pour les droits à pension de retraite.