L'Ecole nationale des sports de montagne est administrée par un conseil d'administration et dirigée par un directeur général, directeur de l'Ecole nationale de ski et d'alpinisme, assisté d'un directeur adjoint de l'Ecole nationale de ski et d'alpinisme et d'un directeur du Centre national de ski nordique et de moyenne montagne.
Un conseil d'orientation est constitué pour chacun des sites de l'établissement.