Les contrôles prévus à l'article R. 541-86 portent sur le respect de toutes les clauses du cahier des charges d'agrément ou d'approbation, en particulier sur celles relatives :
-aux objectifs et obligations concernant la collecte et le traitement des déchets, l'information et la communication, la prévention de la production de déchets, les études, la recherche et le développement ;
-aux obligations comptables et financières ;
-aux relations avec les différents acteurs de la filière ;
-au suivi, à l'observation et au contrôle de la filière.
Lorsque le contrôle concerne un éco-organisme agréé, il ne porte que sur la partie de ses activités relative à la gestion des déchets en application du II de l'article L. 541-10.
Le contenu détaillé des contrôles est précisé pour chaque filière dans le cahier des charges d'agrément ou d'approbation. S'agissant des agréments ou des approbations intervenus avant l'entrée en vigueur du décret n° 2014-759 du 2 juillet 2014 relatif aux contrôles périodiques et aux sanctions prévus à l'article L. 541-10 du code de l'environnement, la liste des clauses à contrôler est arrêtée par les ministres signataires de l'arrêté portant cahier des charges.