L'autorisation unique est délivrée sur avis conforme :
1° Du ministre chargé de la protection de la nature :
a) En cas d'avis défavorable de la commission départementale de la nature, des paysages et des sites ou du conseil scientifique régional du patrimoine naturel sur la demande d'autorisation de modification de l'état ou de l'aspect d'une réserve naturelle nationale ; l'avis du Conseil national de la protection de la nature peut être alors demandé par le ministre ;
b) Dans les cas où ce ministre aurait été compétent en application de l'article R. 411-8 du code de l'environnement, lorsque l'autorisation unique porte dérogation au titre du 4° de l'article L. 411-2 du même code.
Lorsqu'elles concernent des espèces marines, les dérogations prévues au b du 1° sont également soumises pour avis conforme au ministre chargé des pêches maritimes ;
2° Du ministre chargé des sites en cas de demande d'autorisation spéciale de modification de l'état des lieux ou de l'aspect d'un site classé ou en instance de classement régi par l'article R. 341-12 du code de l'environnement. L'avis de la commission supérieure des sites, perspectives et paysages peut alors être demandé par le ministre.
Les ministres se prononcent dans le délai d'un mois à compter de leur saisine par le préfet et avant la publication de l'avis d'ouverture de l'enquête publique.