La sous-direction de la gouvernance assure la gestion des programmes budgétaires dont le directeur général est responsable. A ce titre, elle prépare les éléments de budget du ressort de la direction et en assure l'exécution. Elle coordonne la tutelle des établissements qui relèvent de la direction générale. Elle veille à la simplification et à l'harmonisation des procédures conçues par la direction générale, assure un rôle d'appui auprès des bureaux, notamment dans leur relation avec les organismes payeurs d'aides communautaires, et coordonne les activités relatives au contrôle des aides communautaires et nationales. Elle assure le secrétariat du Conseil supérieur d'orientation et de coordination de l'économie agricole et alimentaire et la tutelle de l'assemblée permanente des chambres d'agriculture. Elle coordonne la tutelle des chambres régionales d'agriculture et des chambres départementales d'agriculture.
La sous-direction de la gouvernance comprend :
― le bureau des programmes budgétaires et des établissements publics ;
― le bureau de la simplification et des méthodes ;
― le bureau des contrôles.