En cas d'application des dispositions prévues aux alinéas 2 à 4 de l'article 2 du décret du 15 décembre 1965 susvisé, qui autorisent certaines autorités militaires à donner des instructions aux chefs des organismes de transport, les commissions demeurent en place et exercent les attributions fixées à l'article précédent.
Lorsqu'en application de l'alinéa 5 du même article, le ministre chargé des armées reçoit la direction de l'exploitation de tout ou partie des transports par voie ferrée dans des zones déterminées et pour une période définie, les commissions concernant ces zones sont mises à sa disposition.
L'officier général ou supérieur désigné pour assurer ladite direction d'exploitation est alors responsable de l'exécution de l'ensemble des transports de défense par voie ferrée dans la zone concernée.