La commission est réunie sur convocation de son président, à la demande du directeur général de l'Ecole polytechnique.
Le président peut décider de faire appel, en cas de nécessité, à des médecins spécialistes du service de santé des armées qui n'appartiennent pas à la commission médicale.
Les candidats intéressés sont convoqués par le directeur général de l'école et présentés devant la commission médicale.
Ils peuvent se faire assister devant la commission, à leurs frais, par tout médecin de leur choix.