La commission médicale prévue par l'arrêté du 18 mars 1999 susvisé est présidée par le médecin général, directeur régional du service de santé des armées, ou, en cas d'empêchement de ce dernier, par le médecin suppléant qu'il aura désigné.
Outre son président, elle comprend :
― deux médecins des armées, professeurs agrégés ou spécialistes du service de santé des armées. Ces officiers sont désignés par le président de la commission médicale après accord des autorités dont ils dépendent ;
― en qualité de rapporteur, le médecin-chef de l'Ecole polytechnique ;
― à titre consultatif, l'officier supérieur qui exerce les attributions d'autorité militaire de premier niveau à l'Ecole polytechnique.