Avant l'ouverture du vote, la commission nationale de contrôle constate le bon fonctionnement du système de vote en effectuant un vote à blanc et un dépouillement. Elle procède à la remise à zéro du compteur des suffrages et vérifie que l'urne électronique est vide et que la liste d'émargement est vierge. Elle procède au scellement du système de vote et en vérifie l'effectivité.
Trois clés de verrouillage et de déverrouillage des urnes sont remises, sous pli scellé, aux membres de la commission nationale de contrôle. Un procès-verbal de la réunion de la commission au cours de laquelle sont remises ces clés est dressé. Chacun des membres de la commission conserve cette clé et en assure la confidentialité jusqu'au dépouillement des votes.
Pour déverrouiller les urnes, deux au moins des trois clés doivent être actionnées.
En cas de dysfonctionnement informatique résultant d'une attaque du système par un tiers, d'une infection virale, d'une défaillance technique ou d'une altération des données, la Commission nationale de contrôle prend toute mesure d'information et de sauvegarde et peut décider de la suspension des opérations de vote.
Tout dysfonctionnement et toute intervention sur le système de vote fait l'objet d'une consignation au procès-verbal.