Le système de vote électronique comporte les mesures physiques et de chiffrement, notamment par la voie d'empreintes numériques, permettant d'assurer la confidentialité des données transmises et la sécurité de l'adressage des moyens d'identification et d'authentification, de l'émargement, de l'enregistrement, de l'unicité du vote et du dépouillement des votes.
Les fonctions de sécurité de ce système sont conformes au référentiel général de sécurité prévu à l'article 9 de l'ordonnance n° 2005-1516 du 8 décembre 2005 relative aux échanges électroniques entre les usagers et les autorités administratives et entre les autorités administratives.
Les obligations de confidentialité et de sécurité s'imposent à l'ensemble des personnes intervenant sur le système de vote électronique.
Les données relatives aux électeurs inscrits sur les listes électorales et les données relatives aux votes font l'objet de traitements informatiques distincts, dédiés et isolés, respectivement dénommés " fichier des électeurs " et " urne électronique ".
Le système de vote électronique comporte un dispositif de secours offrant les mêmes garanties et les mêmes caractéristiques que celui-ci, et capable d'en prendre immédiatement et automatiquement le relais, en cas de panne n'entraînant pas l'altération des données.