Les directeurs ou directrices et les directeurs adjoints ou directrices adjointes sont nommés par arrêté du ministre de l'agriculture.
Ils sont choisis parmi les ingénieurs d'agronomie, les professeurs certifiés de l'enseignement agricole, les professeurs d'éducation culturelle et les professeurs agrégés ou certifiés, détachés du ministère de l'éducation nationale.
En outre, les fonctions de directeur et de directeur adjoint d'établissement spécialisé peuvent être confiées à des fonctionnaires appartenant à des corps d'ingénieurs autres que celui des ingénieurs d'agronomie correspondant à la spécialité de l'établissement.
Les candidats aux emplois de direction doivent être inscrits sur une liste d'aptitude établie chaque année, pour l'une ou l'autre fonction, par arrêté du ministre de l'agriculture.
Tout fonctionnaire pourvu d'un emploi de direction peut se voir retirer cet emploi dans l'intérêt du service, après avis d'une commission consultative spéciale. La commission est également consultée en cas de mutation dans l'intérêt du service.
Un arrêté conjoint du ministre de l'agriculture et du ministre chargé de la fonction publique détermine la composition de cette commission et le mode de désignation de ses membres.
Celle-ci doit comprendre des représentants des fonctionnaires occupant la catégorie d'emploi intéressée.