Les directeurs ou directrices et les directeurs adjoints ou directrices adjointes sont nommés par arrêté du ministre de l'agriculture.
Ils sont choisis parmi les ingénieurs des services agricoles, les professeurs certifiés de l'enseignement agricole et les professeurs soit agrégés, soit biadmissibles à l'agrégation, soit certifiés, détachés du ministère de l'éducation nationale. Ces fonctionnaires doivent être inscrits sur des listes d'aptitude établies chaque année par arrêté du ministre de l'agriculture.
Toutefois, les fonctions de directeur et de directeur adjoint d'établissement spécialisé peuvent être confiées, par arrêté du ministre de l'agriculture, à des fonctionnaires appartenant à des corps d'ingénieurs autres que celui des ingénieurs des services agricoles correspondant à la spécialité de l'établissement.