La mission de la contractualisation et des partenariats territoriaux est chargée de coordonner les démarches contractuelles et d'assurer les relations avec les collectivités territoriales et les associations nationales d'élus locaux. Elle pilote l'élaboration, coordonne la mise en œuvre et assure le suivi des contrats de plan Etat-région, en lien avec les secrétariats généraux aux affaires régionales. Elle veille à la cohérence entre les différents contrats.