L'établissement public est administré par un conseil d'administration de 12 membres composé de :
-deux membres du conseil régional, élus par l'assemblée délibérante ;
-deux membres du conseil général, élus par l'assemblée délibérante ;
-deux membres élus, en son sein, par l'assemblée spéciale mentionnée à l'article 6 du présent décret ;
-six membres répartis comme suit : le préfet, le directeur régional des finances publiques, son adjoint chargé de la fiscalité, le directeur départemental de l'équipement, le directeur de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt, le directeur de l'environnement, de l'aménagement et du logement ou leur représentant respectif.