La phase de fonctionnement comprend toutes les opérations de transport entre l'origine et la destination de la prestation de transport, ainsi que les émissions lors des trajets de repositionnement, des trajets effectués à vide et les émissions à l'arrêt, moteur en marche, qui sont liées à ces opérations.
Ne sont pas prises en compte les émissions liées à des opérations annexes au transport telles que les opérations de manutention des marchandises ou d'assistance de courte durée aux moyens de transport, assurées par des dispositifs externes aux moyens de transport, la construction et l'entretien des moyens de transport, la construction et l'entretien des infrastructures.