Le budget du Syndicat des transports d'Ile-de-France est établi en section de fonctionnement et en section d'investissement, tant en recettes qu'en dépenses. Il est divisé en chapitres et articles dans les conditions qui sont fixées par arrêté conjoint du ministre chargé des collectivités territoriales et du ministre chargé du budget.
Les crédits sont votés par chapitres et, si le conseil du syndicat en décide ainsi, par articles. Toutefois, hors le cas où le conseil du syndicat a décidé que les crédits sont spécialisés par articles, le directeur général peut effectuer des virements d'article à article à l'intérieur du même chapitre.
De même, le budget du syndicat est assorti d'annexes relatives à la situation financière et aux engagements financiers du syndicat définis par arrêté conjoint du ministre chargé des collectivités territoriales et du ministre chargé du budget.