Une convention pluriannuelle passée entre le Syndicat des transports d'Ile-de-France et la Société nationale des chemins de fer français précise la consistance et la qualité du service attendu de la société nationale ainsi que les conditions d'exploitation de ses réseaux, au titre de ses activités de transport de voyageurs en Ile-de-France. Elle précise, en outre, les modalités de détermination du financement apporté par le Syndicat des transports d'Ile-de-France à la Société nationale des chemins de fer français, en tenant compte notamment des obligations tarifaires résultant de l'application des dispositions des articles R. 1241-27 et R. 1241-28 ainsi que de la réalisation des objectifs de qualité du service assignés.
La Société nationale des chemins de fer français établit un compte spécifique à ses activités de transport de voyageurs en Ile-de-France. Elle transmet au Syndicat des transports d'Ile-de-France les états prévisionnels de dépenses et de recettes et les comptes d'exploitation correspondants.