La mission des urgences sanitaires est chargée de la gestion des alertes, urgences et crises sanitaires dans les domaines animal, végétal et alimentaire. Elle a pour mission d'élaborer et de mettre en œuvre les outils nécessaires à la gestion des alertes et des crises sanitaires. Elle est en charge du suivi des plans d'urgence et des exercices réalisés dans le domaine.
Elle est l'un des deux points nationaux de contact pour le réseau d'alerte européen (RASFF) et est le point de contact national pour le réseau international INFOSAN Emergency.
Elle est la correspondante de la délégation à l'information et à la communication du secrétariat général pour les questions de communication de crise.