Le conseil maritime ultramarin se réunit en tant que de besoin et au moins une fois par an, sur convocation des présidents. Il est également réuni par les présidents, à la demande d'un tiers de ses membres.
L'ordre du jour du conseil maritime ultramarin est fixé par sa présidence.
Une commission, dite " du document stratégique de bassin maritime ", est chargée de son élaboration. Elle est constituée par la réunion des collèges du conseil mentionnés aux 1° et 2° de l'article R. 219-1-18.
Le conseil peut créer, à la majorité de ses membres, des commissions spécialisées, des commissions géographiques ou des groupes de travail temporaires. Les commissions spécialisées, les commissions géographiques et les groupes de travail sont constitués de membres du conseil, de représentants de l'Etat ou de ses établissements publics et de personnalités choisies en raison de leur compétence. Ils peuvent entendre toute personne ou recueillir tout avis dans les domaines dont ils sont chargés.