L'enveloppe budgétaire consacrée à la mesure ainsi que les modalités de mise en œuvre sont fixées par note de la directrice des pêches maritimes et de l'aquaculture.
Dans le cas où les demandes d'aide excéderaient l'enveloppe budgétaire, les demandes correspondant aux navires dont le volume de capture d'anguille de moins de 12 centimètres dite « civelle » pêché cumulé sur les deux campagnes 2012-2013 et 2013-2014 est le plus important seront retenus en priorité. Pour les navires pêchant uniquement l'anguille jaune, les demandes correspondant aux navires dont le volume de capture d'anguille jaune pêché cumulé sur les trois années 2011, 2012, 2013 est le plus important seront retenus en priorité, dans la limite de 4 dossiers.