Le secrétariat général du Conseil national de la mer et des littoraux est assuré par le délégué interministériel au développement durable, conjointement avec le commissaire général à l'égalité des territoires et le secrétaire général de la mer.
Le délégué interministériel au développement durable assure la permanence du secrétariat.
Le Conseil national de la mer et des littoraux est pris en charge, pour sa gestion, par le ministère chargé de la mer.