La direction de l'école est confiée, sous l'autorité du directeur général de l'institut français du pétrole, à un directeur assisté d'un conseil de perfectionnement.
Ce directeur est nommé, par arrêté du ministre chargé de l'industrie, pour une durée de trois ans, sur proposition du directeur général de l'institut français du pétrole, après consultation du conseil de perfectionnement.
Le conseil de perfectionnement comprend, sous la présidence du directeur des hydrocarbures, outre le directeur général de l'Institut français du pétrole, les vingt membres suivants, nommés pour quatre ans par arrêté du ministre chargé de l'industrie :
Neuf personnalités choisies parmi les dirigeants de l'industrie des hydrocarbures et de leur utilisation ;
Quatre personnalités représentant l'enseignement supérieur ou la recherche ;
Trois représentants élus du personnel enseignant de l'école ;
Quatre anciens élèves de l'école.
Il comprend également trois représentants élus par les élèves, puis nommés pour un an par le directeur des hydrocarbures.
Le conseil de perfectionnement émet sur toutes les questions concernant l'organisation générale et le perfectionnement des programmes d'enseignement et des méthodes pédagogiques de l'école des avis qui sont exprimés au directeur général de l'institut français du pétrole.