Le Commissariat général à l'égalité des territoires est dirigé par un commissaire général. Il a pour adjoint un commissaire général délégué, directeur de la ville et de la cohésion urbaine. Le commissaire général est également assisté de deux directeurs chargés respectivement des stratégies territoriales et du développement des capacités des territoires.
Outre les directions mentionnées ci-après, le commissariat comprend trois missions chargées des affaires européennes, de la contractualisation et des partenariats territoriaux, et de la coordination de l'action interministérielle et sectorielle.