Le conseil d'administration est composé de représentants de l'Etat et, pour au moins la moitié, de membres représentant les collectivités territoriales et les établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre désignés dans les conditions définies à l'article L. 321-9.
Le décret qui crée l'établissement peut prévoir la possibilité pour d'autres personnes d'assister de manière permanente aux réunions du conseil d'administration. Chaque chambre consulaire et le conseil économique, social et environnemental sont représentés au conseil d'administration avec voix consultative.