Le fait de faire obstacle aux contrôles de l'agence rend passible, après mise en demeure restée vaine, l'organisme ou la personne contrôlée d'une sanction pécuniaire maximale de 15 000 €. Cette pénalité est prononcée par le ministre chargé du logement et recouvrée comme en matière d'impôts directs. Son produit est versé à l'agence.
En cas de méconnaissance d'une obligation de déclaration ou de transmission d'états, de documents ou de données demandés par l'agence, celle-ci peut, après l'avoir mis en mesure de présenter ses observations, mettre en demeure la personne ou l'organisme concerné de se conformer à ses obligations.