Les décisions de création ou de suppression des départements scientifiques sont prises par le président de l'agence après avis du comité de pilotage scientifique. Il en est de même de la dénomination et du périmètre de chacun de ces départements.
Les responsables des départements sont nommés par le président de l'agence, après avis du comité de pilotage scientifique, pour un mandat de quatre ans renouvelable.