L'Agence nationale de la recherche est administrée par un conseil d'administration, présidé par le président de l'agence.
Le président de l'agence assure la direction générale de l'établissement.
Il est assisté d'un ou de plusieurs directeurs généraux délégués et d'un comité de pilotage scientifique.
Le président de l'agence nomme les directeurs généraux délégués pour une durée de cinq ans renouvelable. L'un au moins des directeurs généraux délégués est chargé de l'administration.
L'agence comprend des départements scientifiques.