Le centre est dirigé par un directeur, assisté par un directeur adjoint.
Les fonctions de directeur et de directeur adjoint sont alternativement exercées par un agent du ministère de l'intérieur et un agent du ministère de la défense.
Le directeur et le directeur adjoint sont nommés pour une durée de trois ans par arrêté du ministre de l'intérieur, et sur proposition du ministre de la défense lorsqu'ils en relèvent.