Par exception au b de l'article R*424-1, le défaut de notification d'une décision expresse dans le délai d'instruction vaut décision implicite de rejet dans les cas suivants :
a) Lorsque les travaux sont soumis à l'autorisation du ministre de la défense ou à une autorisation au titre des sites classés ou en instance de classement ou des réserves naturelles ;
b) Lorsque le projet fait l'objet d'une évocation par le ministre chargé des sites ou par le ministre chargé de la protection des réserves naturelles ;
c) Lorsque le projet porte sur un immeuble inscrit ou un immeuble adossé à un immeuble classé au titre des monuments historiques ;
d) Lorsque le projet est soumis à enquête publique en application des articles R. 123-7 à R. 123-23 du code de l'environnement ;
e) Lorsqu'il y a lieu de consulter l'Assemblée de Corse en application de l'article R*423-56 ;
f) Lorsque le projet est situé dans un espace ayant vocation à être classé dans le coeur d'un futur parc national dont la création a été prise en considération en application de l'article R*331-4 du code de l'environnement ou dans le coeur d'un parc national délimité en application de l'article L. 331-2 du même code ;
g) Lorsque la délivrance du permis est subordonnée, en application des articles L. 752-1 à L. 752-3 du code de commerce, à une autorisation d'exploitation commerciale ou, en application de l'article 30-2 du code de l'industrie cinématographique, à une autorisation de création, d'extension ou de réouverture au public d'établissements de spectacles cinématographiques et que la demande a fait l'objet d'un refus de la commission départementale compétente ;
h) Lorsque le projet a été soumis pour avis à la commission départementale d'aménagement commercial en application de l'article L. 752-4 du code de commerce, en cas d'avis défavorable de la commission départementale d'aménagement commercial ou, le cas échéant, de la Commission nationale d'aménagement commercial ;
i) Lorsque le projet porte sur une démolition soumise à permis en site inscrit ;
j) Lorsque la délivrance du permis est subordonnée, en application de l'article L. 425-13, à l'obtention d'une dérogation prévue par l'article L. 111-4-1 du code de la construction et de l'habitation et que cette dérogation a été refusée.