L'ensemble des pièces permettant de justifier l'emploi des fonds par l'agent bénéficiaire et des copies des décisions d'attribution est conservé de façon confidentielle et protégée par le service ou l'unité d'enquête pour une durée de quinze ans.
Chaque régie fait l'objet d'un contrôle annuel par les corps de contrôle et d'audit du ministère de l'intérieur.
Les mesures de contrôle suivantes sont par ailleurs exercées :
― un contrôle hiérarchique de l'utilisation des fonds assurant le respect des objets et la traçabilité de l'emploi ;
― un contrôle par l'ordonnateur préalable à la prise des décisions d'attribution fondé sur un compte rendu d'emploi de l'attribution précédente ;
― un contrôle, par les services d'inspection du ministère de l'intérieur dans le cadre des audits des services et a minima une fois par an, donnant lieu à un rapport écrit.