La direction du numérique pour l'éducation comprend, outre la cellule expertise et relations partenariales, le secrétariat des instances stratégiques et le bureau des affaires générales et du contrôle de gestion :
― le service du développement du numérique éducatif ;
― le service des technologies et des systèmes d'information.
Les chefs de service ont qualité d'adjoint au directeur pour les questions relevant de leurs compétences.