La sous-direction de la gestion des programmes budgétaires est chargée, en liaison avec la direction de l'évaluation, de la prospective et de la performance, des travaux d'études concernant les effectifs d'élèves, le réseau des écoles et des établissements et les moyens du premier et du second degré. Elle prépare et assure le suivi du budget relatif à l'enseignement scolaire public du premier degré, à l'enseignement scolaire public du second degré et à la vie de l'élève relevant du ministère de l'éducation nationale. Elle répartit les moyens en emplois et crédits destinés aux écoles et aux établissements publics du second degré entre les académies et veille à la bonne gestion des moyens délégués.
La sous-direction de la gestion des programmes budgétaires est constituée :
― du bureau du programme « enseignement scolaire public du premier degré » ;
― du bureau du programme « enseignement scolaire public du second degré » ;
― du bureau du programme « vie de l'élève ».
Le bureau de la synthèse budgétaire, des études et du contrôle de gestion est commun à la sous-direction de la gestion des programmes budgétaires et à la sous-direction de la performance et du dialogue avec les académies.