Le département veille, synthèse et affaires budgétaires formalise, en étroite concertation avec la direction générale de l'enseignement supérieur et de l'insertion professionnelle, la direction générale de la recherche et de l'innovation et le service de l'action administrative et des moyens, le schéma pluriannuel de l'utilisation des crédits à l'international qui lui sont délégués. Il assure les suivis d'exécution des engagements et les comptes rendus annuels.
Avec les directions générales des deux ministères et les directions du secrétariat général, notamment la direction de l'évaluation, de la prospective et de la performance, il produit des études de comparaisons internationales sur les systèmes éducatifs étrangers ; il s'appuie, en tant que de besoin, sur le ministère des affaires étrangères et sur les acteurs de terrain, notamment les services déconcentrés.