La sous-direction des affaires européennes et multilatérales, en liaison avec les instances interministérielles compétentes et le ministère chargé des affaires européennes, assure le suivi des relations avec l'Union européenne dans les domaines scolaire et universitaire ; elle contribue, en liaison avec le ministère des affaires étrangères, et en appui aux directions de programme, à la définition et à la conduite de la coopération bilatérale avec chaque pays d'Europe. Elle est en relation avec l'ensemble des institutions internationales et multilatérales et les organismes qui interviennent dans le domaine de la francophonie, en appui à la mission Europe et international pour la recherche, l'innovation et l'enseignement supérieur pour ce qui concerne le domaine universitaire.
Elle participe à l'élaboration d'une politique d'ouverture internationale des établissements scolaires et universitaires en œuvrant à la promotion de la mobilité.
La sous-direction des affaires européennes et multilatérales comprend :
― le département de l'Union européenne et des organisations multilatérales ;
― le département Europe, Russie, Caucase et Asie centrale.