La direction des infrastructures de transport comprend :
― le service de gestion du réseau routier national ;
― la sous-direction du développement et de la gestion des réseaux ferroviaires et des voies navigables ;
-le département d'expertise des partenariats public-privé et de conduite des projets délégués ;
― la mission d'appui du réseau routier national ;
― la mission de coordination des affaires européennes et internationales.
La direction des infrastructures de transport s'appuie, en tant que de besoin, sur les compétences du centre d'études et d'expertise sur les risques, l'environnement, la mobilité et l'aménagement, du centre d'études des tunnels et du centre d'études sur les réseaux, le transport, l'urbanisme et la construction.