Le service national d'ingénierie aéroportuaire est composé d'une direction assistée de missions, d'un secrétariat général, de trois départements techniques implantés à Paris, Aix-en-Provence et Mérignac et d'un réseau de départements et de pôles intervenant en ingénierie et gestion de patrimoine immobilier répartis sur le territoire métropolitain et dans les départements d'outre-mer.
Le siège du service national d'ingénierie aéroportuaire est situé à Paris.
L'organisation interne du service national d'ingénierie aéroportuaire est fixée par arrêté du ministre chargé de l'aviation civile.