Le service de l'enseignement supérieur, de la recherche et de l'innovation définit les politiques de formation supérieure, recherche, innovation et développement. Il assure la tutelle du ministère sur les établissements d'enseignement supérieur agricole publics et gère la contractualisation avec les établissements d'enseignement supérieur agricole privés. Il identifie et porte aux niveaux national et européen les besoins de recherche liés aux politiques publiques du ministère. Il pilote et coordonne les actions du ministère qui permettent de favoriser l'innovation pour les secteurs économiques relevant de son champ de compétences. Il veille à favoriser les liens, au travers de ces politiques, avec l'enseignement technique, notamment dans l'exercice de la mission de développement, d'expérimentation et de recherche appliquée et des missions d'animation et de développement des territoires et de coopération internationale.