L'agence est soumise au contrôleur budgétaire de l'Etat prévu par les décrets n° 53-707 du 9 août 1953 relatif au contrôle de l'Etat sur les entreprises publiques nationales et certains organismes ayant un objet d'ordre économique et social et n° 55-733 du 26 mai 1955 relatif au contrôle économique et financier de l'Etat. Le contrôle de la gestion financière de l'établissement est assuré par un contrôleur budgétaire.