Le conseil d'administration comprend vingt et un membres ainsi répartis :
1° Six représentants de l'Etat :
― un représentant du ministre chargé du développement durable ;
― un représentant du ministre chargé de l'urbanisme ;
― un représentant du ministre chargé des transports ;
― un représentant du ministre de l'intérieur ;
― un représentant du ministre chargé du budget ;
― un représentant du ministre chargé de la recherche.
Un suppléant est désigné dans les mêmes conditions pour chacun de ces membres ;
2° Cinq élus représentant les collectivités territoriales et leurs groupements et cinq suppléants :
― un représentant nommé sur proposition de l'Association des maires de France ;
― un représentant nommé sur proposition de l'Assemblée des communautés de France ;
― un représentant nommé sur proposition de l'Assemblée des départements de France ;
― un représentant nommé sur proposition de l'Association des régions de France ;
― un représentant nommé sur proposition de la Fédération des villes moyennes.
3° Cinq personnalités qualifiées, choisies en raison de leur compétence, dont au moins deux issues du monde des associations d'usagers et de protection de l'environnement ;
4° Cinq représentants du personnel de l'établissement et cinq suppléants élus selon des modalités fixées par arrêté du ministre chargé du développement durable.
Les membres du conseil d'administration et leurs suppléants sont nommés pour une durée de quatre ans par arrêté conjoint des ministres de tutelle.
Les membres mentionnés aux 2° et 3° ne peuvent exercer plus de deux mandats consécutifs.
La fonction de président du conseil d'administration ne peut être exercée pour plus de deux mandats consécutifs.
A la date de son élection, le président du conseil d'administration doit être âgé de moins de soixante-dix ans.
L'élection du président par le conseil d'administration est suivie de celle d'un vice-président. Le président et le vice-président sont issus de deux collèges différents.
Le vice-président supplée le président du conseil d'administration en cas d'absence ou d'empêchement.
En cas de vacance survenant, pour quelque cause que ce soit, plus de six mois avant l'expiration du mandat d'un membre titulaire ou suppléant du conseil d'administration, il est pourvu à la vacance pour la durée restant à courir de ce mandat.
Le directeur général, le commissaire du Gouvernement, le contrôleur budgétaire, l'agent comptable, le président du conseil stratégique et le président du conseil scientifique et technique assistent aux séances avec voix consultative.
Assistent également aux séances avec voix consultative les personnes dont la présence est jugée utile par le président du conseil d'administration.
Les fonctions de membre du conseil d'administration s'exercent à titre gratuit.