Les ressources de l'agence sont constituées par :
1° Une subvention de l'Etat ;
2° Des contributions des régimes d'assurance maladie dont le montant et la répartition entre les régimes sont fixés chaque année par arrêté des ministres chargés de la santé, de la sécurité sociale et de l'agriculture ;
3° Des contributions de la Caisse nationale de solidarité pour l'autonomie pour des actions concernant les établissements et services médico-sociaux ou les prises en charge et accompagnements en direction des personnes âgées ou handicapées ;
4° Des ressources propres, dons et legs ;
5° Sur une base volontaire, des versements de collectivités territoriales ou d'autres établissements publics.
La contribution prévue au 3° est déterminée par la loi de financement de la sécurité sociale.