La Haute Autorité de santé dispose de l'autonomie financière. Son budget est arrêté par le collège sur proposition du directeur.
Les ressources de la Haute Autorité sont constituées notamment par :
1° Des subventions de l'Etat ;
2° Une dotation des régimes obligatoires d'assurance maladie dont le montant est fixé chaque année par arrêté des ministres chargés de la santé et de la sécurité sociale, versée et répartie dans des conditions fixées par décret. Cette dotation est composée de deux parts, l'une au titre de la procédure prévue par les articles L. 6113-3, L. 6113-4 et L. 6322-1 du code de la santé publique, l'autre au titre de la contribution de l'assurance maladie au fonctionnement de la Haute Autorité de santé ;
3° Le produit des redevances pour services rendus, dont les montants sont déterminés sur proposition du directeur par le collège ;
4° Des produits divers, des dons et legs.