Sur le champ de l'ensemble des régimes de base, du Fonds de solidarité vieillesse (FSV), de la Caisse d'amortissement de la dette sociale (CADES) et du Fonds de réserve pour les retraites (FRR), le passif net (ou dette ) de la sécurité sociale, mesuré par ses capitaux propres négatifs, s'élevait à 107,2 milliards d'euros au 31 décembre 2012, soit l'équivalent de 5,3 points de produit intérieur brut (PIB) (+ 0,3 point par rapport à 2011). Ce passif net a augmenté de 6,6 milliards d'euros par rapport à celui constaté au 31 décembre 2011 (100,6 milliards d'euros) en raison essentiellement des déficits des régimes et du FSV pour l'année 2012 (soit 19,1 milliards d'euros), minorés de l'amortissement de la dette portée par la CADES (11,9 milliards d'euros), dont une partie (2,1 milliards d'euros) correspond à la mobilisation des réserves du FRR.
Compte tenu des sommes placées ou détenues en trésorerie (57,7 milliards d'euros, dont environ 63 % par le FRR et 15 % par la CADES dans le cadre de sa stratégie d'endettement à fin 2012), du besoin en fonds de roulement lié aux actifs et passifs circulants (22,0 milliards d'euros) ainsi que des immobilisations et provisions, l'endettement financier s'élevait à 173,9 milliards d'euros au 31 décembre 2012 (contre 170,1 milliards d'euros au 31 décembre 2011).
L'ensemble de ces éléments sont détaillés en annexe 9 au projet de loi de financement de la sécurité sociale pour 2014.

Les comptes du régime général ont été déficitaires de 13,3 milliards d'euros en 2012. La branche Maladie a ainsi enregistré un déficit de 5,9 milliards d'euros, la branche Vieillesse un déficit de 4,8 milliards d'euros, la branche Famille un déficit de 2,5 milliards d'euros et la branche Accidents du travail-maladies professionnelles (AT-MP) un déficit de 0,2 milliard d'euros. Par ailleurs, le FSV a enregistré un déficit de 4,1 milliards d'euros.
Dans le cadre fixé par la loi organique n° 2010-1380 du 13 novembre 2010 relative à la gestion de la dette sociale, la loi n° 2010-1594 du 20 décembre 2010 de financement de la sécurité sociale pour 2011 a organisé le transfert à la CADES, dès l'année 2011, des déficits 2011 des branches Maladie et Famille du régime général et, au cours de l'année 2012, des déficits 2011 de la branche Vieillesse du régime général et du FSV. Conformément aux dispositions organiques, la caisse a été affectataire de ressources lui permettant de financer ces sommes.
La plupart des régimes de base autres que le régime général présentent par construction des résultats annuels équilibrés ou très proches de l'équilibre. Il en est ainsi des régimes intégrés financièrement au régime général (régimes agricoles hors branche Retraite du régime des exploitants, régimes maladie des militaires, des ministres des cultes et des marins), des régimes de retraite équilibrés par des subventions de l'Etat (SNCF, RATP, régimes des mines et des marins), des régimes d'employeurs (fonction publique de l'État), équilibrés par ces derniers, et enfin du régime social des indépendants, dont les déficits sont couverts par une affectation à due proportion du produit de la contribution sociale de solidarité à la charge des sociétés.
Cependant, plusieurs régimes ne bénéficiant par de tels mécanismes d'équilibrage ont enregistré en 2012 des résultats déficitaires.
S'agissant de la branche Retraite du régime des exploitants agricoles, dont les déficits 2009 et 2010 avaient été repris par la CADES, le déficit s'est élevé à 1,0 milliard d'euros (contre 1,2 milliard d'euros en 2011). La Caisse centrale de la mutualité sociale agricole (CCMSA) finance ces déficits par le recours à des emprunts bancaires.
Concernant la Caisse nationale de retraites des agents des collectivités locales (CNRACL), devenue structurellement déficitaire en 2010, le déficit s'est sensiblement réduit en 2012 (14 millions d'euros, après 0,4 milliard d'euros en 2011 et 0,5 milliard d'euros en 2010) compte tenu du prélèvement exceptionnel de 450 millions d'euros sur les réserves du fonds de l'allocation temporaire d'invalidité des agents des collectivités locales et de 240 millions d'euros sur les réserves du Fonds de compensation des cessations progressives d'activité prévu par la loi n° 2012-1404 du 17 décembre 2012 de financement de la sécurité sociale pour 2013. Afin de rétablir l'équilibre financier du régime, la loi a également prévu une augmentation des taux de cotisations en 2013 et 2014.
Le déficit du régime des mines s'est élevé à 39 millions d'euros en 2012, après 186 millions d'euros en 2011, sous l'effet de la poursuite du programme de cessions immobilières engagé par la caisse autonome nationale de la sécurité sociale dans les mines. Il a été couvert dans le cadre d'emprunts à court terme effectués auprès de la Caisse des dépôts et consignations et de l'Agence centrale des organismes de sécurité sociale.
S'agissant de la Caisse nationale des industries électriques et gazières, le déficit s'est élevé à 91 millions d'euros en 2012 (après 46 millions d'euros en 2011). Compte tenu de l'épuisement des réserves antérieurement constituées, une augmentation des ressources du régime est intervenue en 2013 dans le cadre de la loi de financement pour cette même année.
Le déficit du régime vieillesse de base des professions libérales est passé de 74 millions d'euros en 2011 à 103 millions d'euros en 2012 ; en réponse à ce déséquilibre, une hausse des taux de cotisation en 2013, puis en 2014, a été prévue.