L'agence est soumise aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.
Les opérations liées au réaménagement du spectre des fréquences radioélectriques font l'objet d'une individualisation budgétaire et comptable.
L'agence gère, au sein d'une comptabilité distincte, le fonds mentionné au 17° de l'article R. 20-44-11, alimenté par la contribution additionnelle à l'imposition forfaitaire sur les entreprises de réseaux applicable aux stations radioélectriques mentionnée à l'article 1609 decies du code général des impôts ainsi que par les revenus du placement de cette contribution ; les dépenses comprennent le coût des mesures ainsi que les coûts complets supportés par l'agence pour la gestion du dispositif.
L'agent comptable de l'agence est nommé par arrêté du ministre chargé du budget. Des comptables secondaires peuvent être désignés par le directeur général après avis de l'agent comptable principal et avec l'agrément du ministre chargé du budget.